细胞与分子免疫学杂志

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脓毒症患者中性粒细胞差异表达基因及信号通路的生物信息学分析

作者:

何诚成1, 2, 张迎春3, 段勇3, 余江3, 罗波1, 江南1, 梁雨1, 曾静媛1, 郑小莉1*, 鲜玉军4(1西南医科大学基础医学院, 四川 泸州 646000; 中江县人民医院: 2急诊科, 3神经内科, 四川 德阳 618100; 4西南医科大学附属中医院综合内科, 四川 泸州 646000)

出版年,卷期:

2019 第(35)卷 第(6)期 起止页码 481-490 页

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摘要:

目的 寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法 从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、 GSE49755、 GSE49756、 GSE49757, 其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包筛选鉴定出中性粒细胞差异表达基因(DEG)。通过两两交集, 得到共93个DEG, 进一步用DAVID、 STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba应用程序等多种方法进行基因功能和通路富集分析、 PPI网络分析和关键基因分析。结果 确定中性粒细胞最重要的关键DEG, 包括Toll样受体2(TLR2)、 原癌基因SRC、 基质金属蛋白酶9(MMP9)、 白细胞介素1受体2(IL1R2)、 抑制蛋白β1(ARRB1)、 白细胞介素1受体相关激酶3(IRAK3)、 白细胞介素18受体1(IL18R1)、 白细胞介素18受体相关蛋白(IL18RAP)、 丝氨酸/苏氨酸激酶17b(STK17B); 发现了一些涉及脓毒症患者致病相关的通路以及免疫相关的生物学过程。结论 这些基因可能通过多种信号通路引起脓毒症的发生发展。