细胞与分子免疫学杂志

过刊目录

当前位置:首页>过刊目录>2021

应用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的抗原表位

作者:

赵健秋1△, 毛燕2△, 董蓉1, 2, 3, 佟小雅1, 2, 张茜1, 2, 查艳1, 2, 3*(1贵州省人民医院肾内科, 贵州 贵阳 550002; 2贵州大学医学院生物医学系, 贵州 贵阳 550025; 3国家卫生健康委员会肺脏免疫性疾病诊治重点实验室, 贵州 贵阳 550002)

出版年,卷期:

2021 第(37)卷 第(6)期 起止页码 487-494 页

附件类型大小:

PDF(6.74 MB)

摘要:

目的 运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、 细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位。方法 从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列, 根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选, 最终的蛋白序列用于后续的抗原肽的预测。用蛋白质结构预测软件Phyre2进行三维结构的预测、 蛋白质模型结构的细化软件GalaxyRefine优化蛋白的三维结构, 最后用蛋白质结构同源建模SWISS-MODEL系统对优化后的结构进行准确性评估。蛋白序列用于CTL、 Th细胞和线性B细胞抗原肽预测, 三维结构用于结构性B细胞抗原预测。免疫表位数据库和分析资源(IEDB)预测SARS-CoV-2的CTL和Th细胞抗原表位, B细胞线性抗原肽预测软件Bepipred Linear Epitope Prediction 2.0和B细胞结构抗原肽预测软件ElliPro-Epitope prediction based upon structural protrusion分别预测B细胞线性和结构抗原肽。结果 从NCBI数据库获得了27个 SARS-CoV-2的蛋白序列, 去掉抗原性<0.5和氨基酸数<100的蛋白质后, 最终选定9个蛋白进行后续抗原肽预测。最终获得了24个CTL、 20个Th细胞、 12个B细胞线性表位和16个B细胞结构表位。结论 获得的抗原表位可用于后续多表位疫苗的设计, 相较于只针对单种蛋白靶点的抗原表位而言, 多靶点抗原表位具有更强的免疫原性, 这些抗原表位对SARS-CoV-2疫苗而言, 具有一定的参考价值。